На мир нападают таинственные Жертвы - гигантские космические чудовища, посланные уничтожить Сион и всех его обитателей. Единственной защитой Сиона являются пять богинь - чувствующие мехи, каждая из которых привязана к своему пилоту и ремонтнику. С высокой сменяемостью пилотов, именно Академия Богинь (GOA) обучает молодых кандидатов с талантливыми способностями (называется EX), чтобы однажды стать пилотом Богини. Кандидат №88, Зеро только что присоединился к GOA и вскоре между Зеро, пилотами и кандидатами, и Богиней Ингрид разворачиваются глубокие, темные тайны и секреты по мере того, как Жертвы наступают на них.