Макросс Дельта устанавливается в 2067 году, через 8 лет после событий последнего телесериала "Макросс Граница". В центре сюжета - Walküre, команда талантливых идолов и пилотов "Валькирии", и эскадрилья "Дельта", команда опытных пилотов "Валькирии", которые сражаются с "Синдромом Вар", таинственным существом, поглощающим галактику. Но оба они должны сразиться с таинственными Рыцарями Воздуха, группой летчиков Valkyrie из Царства Ветров.