Когда исследователи обнаруживают и эксплуатируют окаменелость мифического Pokémon Mew, они высвобождают творение, противоречащее самим законам природы: Mewtwo - легендарный Pokémon, предназначенный для использования в качестве орудия разрушения. Но по мере того, как Mewtwo осознает свое сомнительное происхождение, он начинает возмущаться своими человеческими создателями и мстить, а Сатоши (Эш), Пикачу и их друзья оказываются в центре его ярости! На карту поставлено будущее мира Pokémon, сумеют ли наши герои преодолеть вызов Mewtwo... и сумеет ли Mewtwo найти новый смысл своей жизни?