К 2039 году глобальное потепление привело к повышению уровня моря и потере значительной части территории. Как будто в ответ, таинственная группа военных кораблей, одетых в туман, "Флот тумана", появилась в каждом уголке океана и начала атаковать человеческие корабли. Несмотря на все свои силы, они были полностью побеждены подавляющей силой тумана. Все торговые пути человечества были заблокированы флотом тумана, их политическая экономия была уничтожена, а человеческая раса была неуклонно уничтожена. Семь лет спустя перед курсантом Гунзо Чихайей появляется подводная лодка "Флот тумана" И-401. Гуманоидная форма жизни, управляющая лодкой, которая должна быть их врагом, вместо этого предлагает свои услуги человечеству.