Прошло два года с тех пор, как Хэй и Инь сбежали из Синдиката после событий первого сезона. На пути в Россию Хэй встречается с молодой девушкой по имени Суоу Павличенко, семья которой постепенно втягивается в войну между подрядчиками и различными разведывательными группировками. Тем временем Кирихара Мисаки покидает свой пост в Министерстве иностранных дел, чтобы начать собственное расследование в отношении Хэй, подрядчиков и Синдиката.