Духовный Боруто Удзумаки, сын седьмого Хокаге Наруто, опытный ниндзя, обладающий той же наглостью и страстью, что и его отец когда-то. Однако постоянное отсутствие отца, занятого выполнением своих обязанностей на каникулах, гасит огонь Боруто. Узнав, что его отец будет наблюдать за начинающими ниндзя, которые будут участвовать в предстоящих экзаменах Чунина, Боруто стремится доказать ему, что он достоин его внимания. Для этого он прибегает к помощи друга детства и соперника Наруто Сасуке Учихихи.
Экзамены в Чунине начинаются и проходят гладко, пока вдруг на Конохагакуре не напал новый враг, который угрожает давно установившемуся в селе миру. Сейчас, столкнувшись с реальной опасностью, Наруто и его товарищи должны работать вместе, чтобы защитить будущее своего заветного дома и победить зло, которое терроризирует их мир. По мере развития этой битвы Боруто начинает осознавать трудности, с которыми когда-то столкнулся его отец, и то, что на самом деле означает быть ниндзя.